Criado em 1950, O Laboratório de Anatomia Patológica fornece diagnóstico de biópsias e exames anatomopatológicos, utilizando técnicas de biologia molecular, exames imunoistoquímicos e de microscopia eletrônica. É Centro de Referência em patologia óssea do Estado de São Paulo.
O Laboratório conta com um sistema de registro e liberação de resultados disponível em rede para todo o Complexo do HC. Instalado em área física totalmente reestruturada, desde a adequação do mobiliário, instalação de novas bancadas, capelas e armários com sistema de exaustão, e em conformidade com as normas de segurança preconizadas.
A passagem pelo Laboratório é estágio obrigatório para os residentes de Anatomia Patológica do Departamento de Patologia da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo. Para aprendizado e integração dos diversos Institutos do complexo, foi criada uma reunião multidisciplinar com programação semanal intitulada: “Reunião Anátomo-Clínica do Grupo de Oncologia Ortopédica do Departamento de Ortopedia e Traumatologia da FMUSP”.